受颱風6號逼近影響，JR東日本於3日宣布，湘南新宿線的大宮至小田原間以及池袋至逗子間，東海道線的小田原至熱海間，自首班車起停駛。
總武線的佐倉至銚子間將全日停駛，青梅線的青梅至奧多摩間自首班車起至晚間8時左右停駛，中央線的高尾至富士見間自首班車起至下午3時左右停駛。
行駛於管內的特急列車中，前往伊豆方向的「踊子號」及「 સஃபીર踊子號」，以及前往房總方向的「わかしお」、「さざなみ」等，全區間自首班車起停駛。中央線的特急列車「あずさ」、「かいじ」等，也配合中央線停駛而部分停駛。成田特快也自首班車起至傍晚為止，部分停駛。
根據JR東海表示，東海道新幹線自首班車起運行，但上午為中心，可能發生長時間的運行見合わせ或緊急停駛。
關於空運方面，全日空（ANA）取消了羽田等地起降的國內線共232班、國際線共55班；日本航空（JAL）則取消了國內線292班、國際線37班。