日本政府於7月24日的內閣會議上決定，現任檢察總長畝本直美（64歲）將卸任，由東京高等檢察廳檢察長川原隆司（61歲）接任。在檢察組織治理（Governance）備受質疑的醜聞接連不斷之際，重建信任的努力備受期待。據相關人士透露，此次檢察總長更迭並非因醜聞而引咎辭職。人事案將於8月12日生效。
檢察總長的法定退休年齡為65歲，身為首位女性檢察總長的畝本氏，距離退休年齡尚餘約一年。檢察總長通常在就任約兩年後進行更迭，畝本氏於2024年7月從檢察體系「二把手」的東京高等檢察廳檢察長職位就任，現已屆更迭時期。川原氏則於2025年7月從法務事務次官轉任東京高等檢察廳檢察長。
畝本氏在其任內，推動將偵訊錄音錄影（可視化）的試行範圍擴大，適用於特搜部獨立偵辦的案件以及裁判員審判對象案件，甚至包括預計在非羈押狀態下起訴的案件。她也要求現場檢察官在不起訴理由的說明上，應盡可能履行說明責任，而非一律不公開。
然而，同期也發生了多起檢察體系的不當事件。一名曾隸屬於大阪地檢特搜部的檢察官，因在偵訊時對嫌疑人施加言語暴力，於2024年8月被法院裁定適用特別公務員暴行凌虐罪而進入刑事訴訟程序。今年6月，一名隸屬於東京地檢特搜部的檢察官也因偵訊問題被法院裁定適用。此外，山口地檢岩國支部還發生了檢察審查員姓名文件外洩給告訴人的事件。
近期，東京地檢特搜部一名負責自民黨「政治獻金回扣」事件的男性檢察官（48歲），被爆出與調查對象的女性有不當關係。而在畝本氏就任前，一名曾任大阪地檢檢察正的男性，因被控對女性檢察官涉嫌準強制性交等罪而被逮捕，當時被害女性因對檢察機關的後續處理感到不滿而辭職。
此外，針對袴田巌先生（90歲）的再審無罪判決（2024年9月），檢察總長發布的談話被指控構成誹謗，袴田先生一方已提起國家賠償訴訟。
