日本最高法院第一小法庭（審判長：宮川美津子）於13日就訴訟做出判決，認定三名居民對沖繩縣政府撤銷填海工程核准的裁決，認為其違法並提起訴訟，具有裁判爭訟的資格（原告適格）。此為五名審理法官一致的意見。今後，那霸地方法院將審理國土交通大臣裁決的違法性。
問題點在於，沖繩縣政府先前承認國家的填海申請後又撤回，而國土交通大臣撤銷了該撤回處分。一審那霸地方法院認為，居住在邊野古周邊的四名原告不具原告適格，駁回了訴訟。然而，二審福岡高等法院那霸支部認為，這四人有潛在可能因遷移後產生的飛機噪音而受損，因此認定其原告適格，並將案件發回地方法院審理。日本政府對此不服，向最高法院提起上訴。
原告方主張「二審認為有重大損害之虞的判斷，是符合實際情況的合理法律解釋」，並要求駁回政府的上訴。
另一方面，政府方主張，填海本身並不會造成原告方主張的噪音損害等，並訴請不承認這四人具有原告適格。
根據日本的環保標準，飛機噪音指標「吵雜指數（W值）」以70以下為佳。第一小法庭在判決中指出，對於三名原告，預測的W值落在70附近區域，並表示「有潛在可能直接受到噪音對健康和生活環境的顯著損害」，因此認定其原告適格。但對於其中一人，考量其居住地，則不予認定原告適格。
判決後，原告與律師團於13日在那霸市召開記者會。律師團的白充律師表示「能夠評價准予三名原告原告適格，而不是將他們拒於門外」。提訴至今已超過七年，原告適格被認定的原告金城武政先生表示「邊野古的工程至今仍在持續。雖然很高興原告適格被認可，但今後的審判也絕不能掉以輕心」。
國土交通省則回應「今後將與相關省廳協商後，妥善應對」。
