對於喜愛原作的玩家，《殺戮尖塔 2》提供了更多相同的卡牌收集、怪物戰鬥的樂趣。雖然部分玩法保持相似，但隨著一座新高塔的出現，玩家也將面臨每層樓都有全新頭目的挑戰，每個頭目都有獨特的戰術，足以考驗玩家最堅固的牌組。
在搶先體驗的第一階段，玩家可以體驗兩個第一幕、一個第二幕和一個第三幕。這意味著總共有 12 位頭目可供挑戰，每次遊玩會遇到其中三位。然而，由於這是一款 Roguelike 遊戲，每次遊玩都會隨機獲得不同的增益、職業和卡牌，因此玩家可能想事先了解如何應對牠們。其中一個重要環節是解鎖《殺戮尖塔 2》的紀元後獲得的卡牌、職業和增益，其中一些隱藏在這些目標後面的內容對於讓最艱難的頭目戰變得更容易至關重要。
Vantom 在戰鬥開始時擁有九點「滑溜」充能。每次受到攻擊，會消耗一點充能，但玩家只能造成一點傷害。牠的尾巴也會緩慢地升起並越過玩家角色，每回合進行一到兩次攻擊。當牠像達摩克利斯之劍一樣懸在玩家上方時，牠造成的傷害會大幅提升。牠還會將三張「傷兵」狀態卡加入牌組，這些卡牌無法使用，只會佔據手牌。
金屬追隨者會增強牠們的力量和攻擊，而金屬牧師則同時攻擊並用「虛弱」或「衰弱」狀態削弱玩家，或增強自身力量。最好先嘗試擊殺追隨者，因為牠們的生命值較低，但近戰攻擊造成的傷害與牧師相似。話雖如此，如果你設法先擊殺金屬牧師，金屬追隨者就會逃跑，因為牠們是小怪，所以取決於你認為自己能否承受追隨者的攻擊。
在戰鬥開始時，儀式野獸會使用「犁地」。這會使其每回合攻擊力增加兩點，但在生命值降至 150 或以下時，會使其容易被擊暈。一旦達到這個閾值，牠也會失去生命值。在被擊暈的回合後，牠會在攻擊和嘗試用「鈴響」效果施加減益之間交替，這意味著你每回合只能打出一張牌。牠在這個階段的攻擊較弱，但玩家防禦的潛力也較低，所以趁你還能的時候盡可能猛烈攻擊。
在戰鬥開始時，瀑布巨人會用「蒸汽噴發」來增強自己，這會增加擊殺牠時造成的傷害。下一回合，牠會造成傷害，對你施加「衰弱」減益，並對自己施加力量增益，增加蒸汽噴發的傷害。牠也可以治療。當牠的生命值降至 0 時，你有一回合的時間來超越防禦要求，然後牠就會爆炸。
靈魂魚最初會將「召喚」的複製品分別加入你的牌組和棄牌堆。如果回合結束時它們在你的手牌中，你會損失六點生命值。幸運的是，你可以支付任何一種資源來打出它，但它會留在你的牌組中直到戰鬥結束。隨著戰鬥的進行，牠會用「無形」狀態增益來增強自己，這會將所有受到的傷害和生命值損失降至一點。牠還會攻擊，施加「易傷」減益，並將更多「召喚」加入抽牌堆和棄牌堆。
拉加夫林女族長在戰鬥開始時處於睡眠狀態，並有 12 點護甲。如果你在牠睡覺時消除了牠的護甲，牠會被擊暈一回合。之後，牠會正常攻擊。偶爾，牠會加強防禦，然後施加減益來降低你的力量和敏捷度，同時增強自己的力量。如果你知道你要面對這個頭目，你最好的選擇是專注於毒藥、死亡和其他不受力量或敏捷度影響的狀態異常。
在第一回合，牠會施放「沙坑」。這會開始倒計時，4 回合後，你會死亡。話雖如此，牠仍然會每回合攻擊你，但你可以用牠加入你牌組的「瘋狂逃脫」卡牌來延長倒計時。然而，每張「瘋狂逃脫」的複製品在你使用時都會增加其費用。你基本上是在與時間賽跑，在牠吞噬你之前造成足夠的傷害，同時還要微觀管理剩餘的回合等。幸運的是，「無盡飢餓者」在戰鬥中實際上沒有做其他事情，但牠的高生命值池是個問題。
至於最佳策略：增加基礎資源生成數量的卡牌和增益，或專注於降低費用的牌組，將使你更容易應對。高額的格擋也有助於抵消巨型蠕蟲的傷害輸出，延長牠殺死你的時間。毒藥和死亡等效果對於削弱牠的生命值也非常有幫助。
每當知識惡魔在戰鬥中對你施加減益時，包括第一回合，牠都會給你兩個負面效果的選擇。
除了這個效果之外，知識惡魔還可以增強牠的攻擊，造成相對較高的傷害，甚至在緊急情況下治療自己。你想要採取一個重度防禦或極度進攻的策略，並有充足的專注。能夠做好一件事的組合是克服這場戰鬥的關鍵，無論是帶有毒藥策略的罪人還是死亡牌組的亡靈召喚師。缺陷者可以設置多個寶珠，快速完成工作，而國王和鋼鐵人則需要在抽到能快速結束戰鬥的卡牌時有點運氣，因為牠們不太可能贏得消耗戰。
這個龐大的怪物有兩個鉗子，右邊的火箭鉗子可以造成巨大傷害。兩個鉗子都可以通過背擊造成額外傷害，並且如果另一個鉗子死亡，牠們會獲得額外的五點力量和 99 點護甲。聽起來很可怕，但由於這只持續一回合，所以實際上意味著你不太可能在同一回合殺死兩個鉗子。
當火箭鉗子使用其發射攻擊時，牠下一回合不會攻擊，給你喘息的機會。粉碎鉗子（左邊）更具坦克性，因為牠可以增強防禦，所以先專注於火箭鉗子。針對兩個鉗子的移動是理想的，因為戰鬥會更快，但火箭鉗子的攻擊更強大，所以應該先處理牠。一旦兩個鉗子都死了，後面的帝王蟹就會逃跑，讓你獲勝。
女王可以在你的卡牌中添加「惡疾」，這些是除了卡牌標準效果之外的減益。在此情況下，她會施加「束縛鎖鏈」，這會對你抽到的前三張卡牌施加「束縛」狀態，限制你該回合只能使用這三張牌中的一張。這並非永久性的，因為效果會在回合結束時消失。她還會施加 99 點「虛弱」、99 點「易傷」和 99 點「衰弱」作為減益，並增強自己的力量和防禦。
火炬頭algam是一個小怪，女王死後會逃跑，但牠是主要的傷害輸出者，一次最多可以造成三次攻擊。專注於女王並不值得，因為火炬頭algam很可能會擊中你，所以盡量減輕牠的攻擊力，先將其擊倒，然後再專注於女王。
雖然第三個頭目最初是開門者，但這個多層次的頭目被證明比第三幕的其他頭目難對付得多。取而代之的是 Aeonglass，它的生命值與同類頭目相當。然而，它也利用了它相當危險的機制，稱為「凋零存在」。每當你打出六張牌時，Aeonglass 就會給你一張「凋零」狀態卡。這個效果會跨回合持續，所以你無法通過限制每回合打出的牌數來真正減輕它。
那麼凋零是什麼？它是一種無法使用的狀態卡，如果在回合結束時仍在你的手牌中，則會造成三點傷害。然而，「凋零」是可以升級的，在卡牌名稱中顯示為「+X」，取決於 Aeonglass 增強它的次數，這會增加總傷害。例如，「凋零+2」會造成九點傷害。這會升級你牌組中的所有複製品，以及任何新創建的「凋零」，使戰鬥越往後越難。除此之外，Aeonglass 的攻擊力很強，未格擋時每回合至少造成 20 點傷害，但通常更多。它還可以永久增強自己的力量。
因此，速度是這場戰鬥的關鍵，但一些《殺戮尖塔 2》的職業和牌組會比其他職業和牌組更容易應對。亡靈召喚師和潛伏者可能更容易應對死亡和毒藥牌組，因為牠們都以自己的方式加快戰鬥節奏，並且擁有可以以很少的牌來加速狀態效果的卡牌。缺陷者的寶珠也可以造成持續傷害，但可能很難達到殺死頭目所需的傷害量。至於國王和鋼鐵人，防禦性玩法可能是最佳策略，因為你很可能需要每回合格擋大量來襲的傷害。
一開始看到的低生命值，正如預料的那樣，具有欺騙性。測試對象 #C8 擁有「適應性」能力，這是一種煩人的增益，可以讓它自我復活，每次復活都會變得更強。在第一階段，它還有「狂怒」，每次你打出一張技能型卡牌時，它就會獲得兩點力量，同時還會攻擊並施加「易傷」減益。
在第二階段，它用「痛苦刺擊」能力取代了「狂怒」，每次被未格擋的傷害擊中時，它都會添加「傷兵」卡牌。它的攻擊也會更猛烈，潛在的每回合多次攻擊，但除了增加生命值池外，策略是相同的。
在第三階段，「適應性」和「痛苦刺擊」階段消失了，取而代之的是「宿敵」，這是一種極其強大的能力，使其每隔一回合獲得「無形」。這會將其受到的攻擊傷害減至 1 點生命值。這會顯著減慢你的速度，並且還會削弱毒藥等效果的效力。除了通常的力量增強和攻擊外，它還會將「燃燒」卡牌添加到你的棄牌堆中，這些是無法使用的卡牌，每張在回合結束時在你手中時會造成兩點傷害。