日本學術會議於1日從「國家特別機關」轉型為特殊法人。在同日舉行的總會中，選出了大阪大學名譽教授加藤和人（醫學倫理）擔任新任會長。
法人化始於2020年時任首相菅義偉拒絕任命6名會員的問題，並於2025年6月正式拍板定案。雖然首相任命會員的權力已取消，但由首相任命的監事將負責監督其活動內容。
學術會議基於科學家反省戰爭動員等歷史，於1949年設立，一直以來獨立於政府提供科學建言。210名會員每三年改選一半，原先根據學術會議推薦，由首相任命。然而，2020年菅首相拒絕任命其中6人。
以此為契機，學術會議的組織改革開始，並於2025年6月成立了法人化的日本學術會議法。學術會議曾因擔憂獨立性受損而要求修正法案，但未獲實現。會員人數增至250人，隨著法人化，半數125人迎來新會員。
法人化後，首相將不再任命會員，改由學術會議自行選任。會員的推薦來源除了會員本身，也擴及學會及經濟團體。學術會議將每六年制定活動計畫，並接受內閣府委員會的評估。此外，也將設置兩名由首相任命的監事，負責業務監査。關於預算，政府表示「將補助認為必要的金額」。
當年任命拒絕的理由仍不明確，圍繞任命權的法律解釋及相關文件公開問題，目前仍有三件訴訟進行中。
